Miasto zostało założone na gruntach wsi Szczekarzew. Prawa miejskie otrzymało w akcie Władysława Jagiełły sporządzonym w Krakowie 1 marca 1394. W XV wieku dzięki położeniu na trakcie handlowym Pomorze-Lublin-Lwów nastąpił rozwój miasta. W 1525 Krasnystaw otrzymał prawo składu soli i miodu. Stanowił on także ośrodek handlu zbożem i rzemiosła. W latach 1490-1826 był on siedzibą biskupów chełmskich. W tym, po likwidacji diecezji chełmskiej i utworzeniu diecezji lubelskiej w 1805 Krasnystaw funkcjonował również jako stolica diecezji lubelskiej. Pełnił również funkcję starostwa grodowego i w związku z tym, za czasów I Rzeczypospolitej miały tu miejsce sądy szlacheckie: ziemski i grodzki.
Edward Gorazdowski - Krasnystaw (1871)
W połowie XVII wieku, w czasie wojen polsko-szwedzkich, zniszczono zamek i mury miejskie. Od 1795 miasto znajdowało się w zaborze austriackim, od 1809 w Księstwie Warszawskim, a od 1815 w Królestwie Polskim (zabór rosyjski). Podczas powstania styczniowego jazda polska odniosła tu zwycięstwo atakując garnizon rosyjski. W XIX wieku miasto stanowiło ośrodek usługowy. W 1916 r. Krasnegostawu doprowadzono kolej. Przed 1918 miasto nazywane było niekiedy Krasnostaw.
II wojna światowaWe wrześniu 1939 miały tu miejsce walki z armią niemiecką, w których zginęło ok. 150 polskich żołnierzy. 18-19 września 1939 toczyły się tu walki 39. dywizji piechoty i brygady kawalerii z niemieckimi jednostkami zmotoryzowanymi.
Podczas okupacji hitlerowskiej (1940-1942) w mieście znajdowało się getto, w którym zamknięto ok. 4 tys. osób narodowości żydowskiej. Getto znajdowało się przy ul. Grobla i miało charakter przejściowy, po kilku miesiącach ludność została przetransportowana do obozu w Izbicy i ośrodka zagłady w Bełżcu (ok. 2 tys. osób). W mieście znajdowało się także więzienie, w którym Niemcy rozstrzelali 395 osób (1939-1944).
W okolicy działała także partyzantka (1940-1944) - AK, BCh, GL, AL, NOW-NSZ. Partyzanci m.in.: uwolnili ok. 300 więźniów z miejscowego więzienia (1943) i zniszczyli 26 pociągów niemieckich (wiosną 1944). Krasnystaw został wyzwolony przez żołnierzy Armii Radzieckiej. W latach 1944-1945 NKWD deportowało członków polskich organizacji niepodległościowych w głąb ZSRR. W latach 1944-1950 na terenie Krasnegostawu i okolic działała partyzantka antykomunistyczna.
