Mikołajki Pomorskie leżą niedaleko Sztumu, na szlaku kolejowym z Gdańska do Warszawy. Teren, na którym znajduje się miejscowość, był zamieszkany już w epoce neolitu. Jako wczesnośredniowieczne siedlisko słowiańskie, wieś nosiła nazwę Borucin lub Boruty. W niemieckim źródle z 1248 roku pojawiła się niemiecka nazwa Niklausdorf. Miejscowość znajdowała się wówczas w granicach komturii dzierzgońskiej państwa krzyżackiego. Jeszcze w XIII wieku w Mikołajkach powstała samodzielna parafia.
Dokument lokacyjny dla wsi wydał w 1438 roku wielki mistrz Zakonu - Paul Bellitzer von Russdorff (1395-1441). Po wojnie trzynastoletniej, na mocy II pokoju toruńskiego Mikołajki znalazły się w granicach nowo utworzonego województwa malborskiego. Miejscowy kościół popadł w ruinę w XVII wieku, został potem odbudowany, a potem ponownie zniszczony w czasie wojny północnej na początku XVIII wieku. W tym samym czasie większość wsi na tym terenie opustoszała także w wyniku epidemii cholery.
W Mikołajkach dużą część ludności stanowili Polacy, o czym świadczą nazwiska XVII-wiecznych sołtysów i proboszczów tutejszej parafii. W wyniku I rozbioru Polski z 1772 roku Mikołajki znalazły się w granicach Królestwa Prus. Na początku XX wieku nieznaczną przewagę miała w Mikołajkach ludność niemiecka (stanowiąca około 52% mieszkańców ).
W wyniku plebiscytu z lipca 1920 roku wieś pozostała w granicach Niemiec. Na terenie wsi prowadzona była jednak polska działalność kulturalno-oświatowa. W 1930 roku otwarta została szkoła polska. Podczas II wojny światowej wielu mieszkańców wsi zaangażowanych w tę działalność aresztowano lub wywieziono do więzień bądź obozów, wielu mężczyzn wcielono do Wehrmachtu. W 1945 roku Mikołajki znalazły się w granicach Polski.
