Pierwsi Żydzi osiedlili się w Górze Kalwarii (jid. Ger) w 1802 roku. Gmina żydowska ukonstytuowała się w 1821 roku. W roku 1849 zbudowano drewnianą synagogę, a po jej pożarze w latach 1901-1902 powstał nowy murowany budynek synagogi. Rosnąca konkurencja żydowskich kupców i rzemieślników, a zwłaszcza dochody osiągane z produkcji i dystrybucji alkoholu budziły wielkie emocje i reakcje obronne przedsiębiorców chrześcijańskich. Nowym bodźcem rozwojowym dla społeczności żydowskiej okazało się ulokowanie w Górze Kalwarii w 1859 roku siedziby dynastii cadyków z rodu Alterów: Icchaka Majera (Gerer Rebe), jego wnuka Arie Lejba (Swas Emes) i prawnuka Abrama Mordechaja. Ich wiedza, autorytet i charyzma przyciągały do Góry Kalwarii tysiące chasydów pielgrzymujących z Polski i Europy Środkowo-Wschodniej. Po wybuchu II wojny światowej i zajęciu Góry Kalwarii przez Niemców zakazano Żydom zajmowania się handlem, rzemiosłem i hodowlą i utrzymywania kontaktów z ludnością nieżydowską. Sam cadyk Alter z dwoma synami ukrywał się w Warszawie, a później dzięki pomocy urzędnika ambasady włoskiej i działaczy żydowskich przedostał się do Palestyny. W roku 1940 okupanci utworzyli w Górze Kalwarii getto, liczące około 3500 mieszkańców. Zostało ono zlikwidowane w lutym 1941 roku. W czasie likwidacji getta rozstrzelano kilkaset osób, a około 3000 wysłano do obozu zagłady w Treblince. Wojnę przeżyło jedynie kilkudziesięciu Żydów.
Cmentarz żydowski w Górze Kalwarii został założony w początkach XIX wieku. Dokładna data jego powstania nie jest znana. Nekropolia jest po raz pierwszy wspomniana w budżecie miasta na lata 1827-1832. Formalnym właścicielem cmentarza dozór bóźniczy w Górze Kalwarii stał się dopiero w 1864 roku. W okresie funkcjonowania cmentarza jego obszar był stopniowo powiększany. Znajdowały się na nim liczne macewy, ustawione w układzie rzędowym. Prawie wszystkie były ozdobione polichromiami. Na terenie cmentarza znajdował się duży ohel cadyków z dynastii Alterów, pokryty czterospadowym dachem. We wschodniej części kirkutu zlokalizowany był dom przedpogrzebowy. W czasie okupacji hitlerowskiej duża część nekropolii została zdewastowana. Wywieziono i wykorzystano jako materiał budowlany wiele macew, zburzono ohel Alterów i dom przedpogrzebowy. Na terenie cmentarza Niemcy dokonywali także egzekucji Żydów, których miejsce pochówku nie jest oznaczone. Obecny stan cmentarza to w dużej mierze zasługa Wolfa Karpmana, mieszkańca Góry Kalwarii i uczestnika powstania w getcie warszawskim. Przez wiele lat odszukiwał i przewoził na cmentarz zagrabione macewy, odbudował też ohel cadyków.
