W latach 1602-1638 istniała w Rakowie szkoła ariańska, zwana Akademią Rakowską (Gymnasium Bonarum Artium), choć formalnie nie posiadała praw akademickich. Wysoki poziom nauczania i panująca w niej tolerancja religijna sprawiły, że szkoła zyskała międzynarodową sławę i przyciągała nie tylko młodzież protestancką, lecz i katolicką. W Akademii nauczano języków (łaciny, polskiego, niemieckiego, włoskiego i francuskiego), logiki, etyki, retoryki, matematyki, prawoznawstwa, polityki i nauk przyrodniczych. Wykładano także teologię. Działalność dydaktyczna była prowadzona w oparciu o własne podręczniki, których autorami byli wykładający w szkole profesorowie. Swój rozkwit, Akademia Rakowska przeżywała w latach 1616-1630. Zwano ją wówczas "sarmackimi Atenami" i miała ona około tysiąca uczniów, w tym wielu cudzoziemców. W roku 1638, w następstwie zniszczenia przydrożnego krzyża przez kilkunastu uczniów Akademii i nagłośnieniu sprawy przez biskupa krakowskiego, wojewodę sandomierskiego i nuncjusza papieskiego, doszło do wydania wyroku sejmowego, na mocy którego zlikwidowano wszystkie instytucje ariańskie, a wykładowców Akademii Rakowskiej skazano na banicję. Po wygnaniu arian z Polski, miasto podupadło i opustoszało. Jego rangi nie przywróciło ufundowanie przez biskupa krakowskiego Jakuba Zadzika wspaniałego kościoła i osadzenie w Rakowie reformatów w roku 1641.
Na mocy III rozbioru Polski, Raków znalazł się pod zaborem austriackim, a po epoce napoleońskiej przeszedł pod panowanie rosyjskie. W XIX wieku liczba mieszkańców zaczęła wzrastać, w dużej mierze za sprawą osadnictwa żydowskiego. Po Powstaniu Styczniowym, podobnie jak wiele innych polskich miast, Raków utracił prawa miejskie (w 1869 roku).
Dziś, Raków jest prowincjonalną, senną miejscowością, w której zachowało się jednak kilka ciekawych zabytków: kościół parafialny p.w. Św. Trójcy, wzniesiony z fundacji biskupa krakowskiego w latach 1640-1645, kościół reformatów p.w. św. Anny, pochodzący z tego samego okresu, dom i oryginalne izby z czasów ariańskich.
