Zgodnie z ostatnią wolą Jan Zamoyski został pochowany w krypcie pod kaplicą Przemienienia Pańskiego. Miejsce to upamiętnia, tak jak chciał Ordynat, płyta z czarnego marmuru dębnickiego, ze skromnym łacińskim napisem, zdobiona tarczą herbową i insygniami władzy oraz panopliami wykonanymi z brązu.