Jezioro Niegocin ma zróżnicowane dno z dużą liczbą zagłębień i rozległych płycizn śródjeziornych, a jego brzegi są przeważnie niskie. W strefie przybrzeżnej (litoralu) dominuje roślinność wynurzona z gatunkami takimi jak trzcina pospolita. Roślinność zajmuje ponad 15% powierzchni dna jeziora.