W odległości ok. 30 km na północny zachód od Queluz znajduje się Mafra, gdzie warto zatrzymać się, by zwiedzić wspaniały kompleks klasztorno-pałacowy z XVIII wieku.
Najstarsze ślady osadnictwa, odkryte na terenie Mafry, pochodzą z epoki neolitu. W nieodległej miejscowości Seixosa znaleziono natomiast pozostałości z epoki paleolitu, wskazujące na jedną z najstarszych w Europie obecności człowieka. W okresie rzymskim okolice były już zaludnione i zagospodarowane, a w pobliżu dzisiejszej Mafry istniało wiele dróg i mostów. Grobowce, monety, ceramikę, a także pozostałości budowli z I-IV wieku znajdujemy w całej okolicy. Rozwinięta była wówczas uprawa winorośli, oliwek i warzyw, a produkty rolne spławiano rzekami Cheleiros, Ilhas i Safarujo, które były żeglowne aż do czasów średniowiecza. Od V do VIII wieku tereny te zajmowali Wizygoci, zaś w roku 711 zostały one zajęte przez Maurów. Z okresu ich panowania zachowało się niewiele pozostałości. Ziemie te zostały odzyskane w 1147 roku przez pierwszego króla Portugalii Alfonsa I Zdobywcę (1109-1185), znanego bardziej jako Alfons Henryk (Afonso Henriques). Na przełomie 1189 i 1190 roku miejscowość Mafra została podarowana przez króla Sancho I (1154-1212) biskupowi Silves Mikołajowi.
Do czasu, gdy w roku 1717 król Jan V Wielkoduszny (Joāo V o Magnânimo) żyjący w latach 1689-1750 rozpoczął budowę pałacu i klasztoru Mafra była niewielką, niczym nie wyróżniającą się osadą, w pobliżu której znajdowały się królewskie tereny łowieckie tzw. Tapada de Mafra. Choć budowę klasztoru i pałacu zakończono w 1730 roku, to rozbudowę kompleksu kontynuowali także następcy Jana V - królowie Józef I (1714-1777), Jan VI (1767-1826) i Ferdynand II (1816-1885).
Podczas francuskiej inwazji na Portugalię w 1807 roku Napoleon umieścił w Mafrze garnizon i dowództwo wojskowe. W roku 1834 po likwidacji zakonów franciszkanie opuścili Mafrę, zaś po roku 1840 w zabudowaniach klasztoru kwaterowało wojsko portugalskie i działały szkoły wojskowe - Depósito Geral de Recrutas, a później Real Colégio Militar. Podczas rewolucji republikańskiej, obalony król Manuel II (1889-1932) schronił się 5 października 1910 roku w pałacu w Mafrze, skąd następnego dnia udał się do pobliskiej Ericeiry i wraz z matką i babką odpłynął do Gibraltaru.
