Geneza Czerwińska nad Wisłą sięga XI wieku. Niemalże równolegle rozwijały się na tym terenie dwie formy osadnictwa, oparte na własności biskupiej oraz własności klasztornej. Osada rozwijała się w oparciu o obronny ośrodek władzy biskupiej z fundacją kościelną na terenie wzgórza, po przeciwnej stronie którego, na sąsiednim wzniesieniu w XI wieku najprawdopodobniej istniał ośrodek grodowy z podgrodziem.
Prawdopodobnie po 1129 roku powstało opactwo Kanoników Regularnych, w którym wybudowano romański kościół p.w. Najświętszej Maryi Panny. Fundatorem kościoła, według „Spominków Sochaczewskich”, był biskup płocki Aleksander z Malonne. W XIII wieku, na skutek osłabionego podziałami Mazowsza, Litwini spustoszyli między innymi okolice Czerwińska nad Wisłą. Później sytuacja stała się spokojniejsza, lecz nie na długo. W 1329 roku księstwo płockie zostało bowiem zhołdowane przez króla czeskiego Jana Luksemburskiego. Teren Czerwińska nad Wisłą stał się niespodziewanie pograniczem, gdyż księstwo czerskie uznało zwierzchność króla polskiego. W latach 1355-1370 panował Kazimierz III Wielki i obszar obecnej gminy był podzielony między niego i księcia mazowieckiego Siemowita III. Przez okolice Czerwińska nad Wisłą przechodził szlak handlowy z Torunia na Wołyń, co sprzyjało rozwojowi gospodarczemu. Około 1370 roku całe Mazowsze było pod rządami księcia Siemowita III. W 1373 roku Czerwińsk nad Wisłą dzielił się na biskupi i klasztorny. Książę Siemowit III wydał przywilej dla biskupa płockiego na lokowanie miasta Czerwińska na prawie chełmińskim, natomiast Czerwińsk klasztorny otrzymał prawa miejskie później - dopiero w 1582 roku. Miasto stało się sławne w 1410 roku, kiedy to w dniach 30 czerwca - 2 lipca miała miejsce koncentracja wojsk polskich i litewskich oddziałów Witolda przed wyprawą Władysława Jagiełły na Krzyżaków, poprzedzona przeprawą wojsk polskich po moście łyżwowym. Dzięki licznym darowiznom książąt i królów polskich, Czerwińsk nad Wisłą stał się jednym z najbardziej okazałych i bogatych ośrodków życia politycznego, kulturalnego, gospodarczego i religijnego na Mazowszu. Po trakcie toruńskim z 1466 roku, kiedy Wisła stała się wolnym szlakiem eksportu zboża i wytworów leśnych, Czerwińsk szybko się rozwijał, będąc ośrodkiem handlu i rzemiosła. Włączenie w 1526 roku księstwa mazowieckiego do Korony, dla codziennego życia nie miało większego znaczenia, zwłaszcza, że w dalszym ciągu obowiązywało specyficzne prawo mazowieckie, a także nie zmieniono granic powiatów i ziem.
Od XVII wieku, choć popularności przysparzał miejscowości znajdujący się w klasztorze obraz Matki Boskiej Czerwińskiej, uznany za cudowny w 1647 roku, postępował proces marginalizacji opactwa. Stopniowo tracił znaczenie również sam Czerwińsk. Najazd Szwedów w latach 1655-1660 był dla miasta prawdziwą katastrofą. Zniszczone i spustoszone, nigdy już nie wróciło do swej świetności. Nastąpiło też znaczne wyludnienie. Na katastrofalne skutki „potopu” nałożyły się kolejne walki w początkach XVIII wieku, epidemia dżumy z 1709 roku, a także zamieszki związane z rywalizacją stronników Sasów i Leszczyńskiego. Nowością było pojawianie się Żydów, których wcześniej nie tolerowano w kościelnym Czerwińsku.
Po II rozbiorze Polski w 1793 roku, Prusacy zajęli zachodnią część Mazowsza i utworzyli nowe województwo ciechanowskie, do którego włączono Czerwińsk. Tym samym stał się on miastem niemal pogranicznym, zanikł eksport zboża Wisłą, a działalność gospodarcza jeszcze bardziej się zredukowała. W wyniku III rozbioru Polski w 1795 roku całe północne Mazowsze znalazło się w departamencie płockim Prus Nowowschodnich. Przez 11 lat rządów pruskich dokonywano wielu zmian m.in. upaństwowiono wszelkie dobra kościelne, a ich ludność automatycznie uzyskała wolność osobistą. Pogarszała się natomiast kondycja majątków szlacheckich z uwagi na zwiększone podatki. Na początku grudnia 1806 roku na tereny te wkroczył korpus napoleońskiego marszałka Pierre'a Françoisa Charlesa Augereau (1757-1816), kładąc kres pruskiemu panowaniu. Po powstaniu w 1807 roku Księstwa Warszawskiego, Czerwińsk znalazł się w powiecie wyszogrodzkim departamentu płockiego. W maju 1809 roku maszerujące na Warszawę wojska austriackie chciały się tu przeprawić przez Wisłę. Choć Austriacy zostali wyparci, to zdążyli obrabować miasto. „Ukoronowaniem” kryzysu był przemarsz Wielkiej Armii na Moskwę i jej odwrót.
W 1815 roku powstało zależne od Rosji Królestwo Polskie, a Czerwińsk nad Wisłą włączono do województwa płockiego. Lata 1815-1830 należy uznać za pierwszy od wieków okres przyspieszonego rozwoju. Starano się porządkować zabudowę, dążono do regularności rozmieszczenia gospodarstw, wyznaczano też osady karczemne i kowalskie. Nastąpił duży obrót ziemią. Zwracano uwagę na poprawę dróg, zrealizowano trakt Zakroczym - Wyszogród. Po Powstaniu Listopadowym Czerwińsk i okolice mocno ucierpiały na skutek epidemii cholery. Epidemie oraz katastrofalne okresy głodu powtarzały się zresztą kilkakrotnie do końca XIX wieku. W 1869 roku Czerwińskowi odebrano prawa miejskie.
Początkowe walki I wojny światowej nie dotknęły Czerwińska nad Wisłą. W styczniu 1915 roku wywieziono miejscowych Niemców, a w ich domach rozmieszczono uchodźców, jednakże we wrześniu tego samego roku po zdobyciu Modlina, Niemcy zaczęli swoje rządy. Po zakończeniu wojny powróciła wywieziona wcześniej ludność niemiecka, a w 1923 roku klasztor i kościół przekazany został Zgromadzeniu Salezjańskiemu. Po ustabilizowaniu się sytuacji politycznej w kraju po 1926 roku, gospodarstwa zaczęły nieźle prosperować, wybudowano na terenie gminy wąskotorową kolej cukrowniczą, rozwijał się drobny handel, rzemiosło i usługi.
Napad Niemiec na Polskę spowodował, że formalnie 1 listopada 1939 roku Czerwińsk nad Wisłą został włączony do Rzeszy. Podczas okupacji powstało tu getto, skąd w drugiej połowie 1941 roku Żydzi zostali wywiezieni do Nowego Dworu. Wielu mieszkańców zostało wysiedlonych, by dać miejsce dla osadników niemieckich. Na terenie gminy we wsiach Boguszyn i Grodziec były obozy pracy przymusowej, w Miączynie działał karny obóz dla żołnierzy niemieckich. W wyniku styczniowej ofensywy 1945 roku, gmina Czerwińsk nad Wisłą została zajęta przez Sowietów, którzy przystąpili do powszechnych wówczas rabunków i dewastacji. Były też pozytywne działania: odtworzono i upowszechniono system oświaty, zelektryfikowano wsie, modernizowano drogi. W 1951 roku przystąpiono do prac konserwacyjnych klasztoru. Bazylika romańska z biegiem lat wróciła do dawnej świetności. Nowe realia po 1990 roku nie przyniosły zasadniczych zmian, za to pojawił się w gminie niekontrolowany rozwój budownictwa rekreacyjnego mieszkańców Warszawy.
