Ślady osadnictwa w okolicach miasta pochodzą z epoki kamienia. Pierwsze słowiańskie osady w miejscu dzisiejszej Lewoczy powstały jeszcze przed XII wiekiem, co wiadomo stąd, że już wtedy handlowały z Krakowem, miastami Hanzy i Wenecją. W połowie XII wieku, król węgierski Gejza II osiedlił w tym rejonie osadników niemieckich, głównie z Saksonii. Osady te uległy niemal zupełnemu zniszczeniu wskutek najazdów mongolskich. W 1271 roku Lewocza stała się głównym ośrodkiem specjalnej jednostki administracyjnej – Związku Sasów Spiskich. Jednak miasto szybko wycofało się z tego związku, by w roku 1317 stać się uprzywilejowanym wolnym miastem królewskim.
Szybki wzrost znaczenia i bogactwa miasta był skutkiem jego położenia na ważnym szlaku handlowym prowadzącym znad Cisy przez Szarysz i Spisz do Krakowa. W 1494 roku właśnie Lewoczę wybrali na miejsce spotkania jagiellońscy władcy Polski, Litwy, Czech i Węgier. W ciagu XV wieku miasto stało się bogatym ośrodkiem handlowym.
W epoce powstań antyhabsburskich w XVII wieku rozpoczął się zmierzch miasta. W XVI i XVII wieku Lewocza była najważniejszym ośrodkiem ewangelicyzmu na ziemiach słowackich, jednak za czasów habsburskich doszło do niemal całkowitej rekatolizacji Lewoczy i całego Spiszu.
