Kościół wybudowany został w latach 1600-1630 dla zakonu bernardynów na miejscu starego drewnianego kościoła (był od drugim po Krakowie kościołem tego zakonu na ziemiach polskich). Jako że kościół znajdował się poza zasięgiem murów obronnych Lwowa, dlatego został ufortyfikowany tworząc imponujący kompleks sakralno-obronny. Głównym architektem był Paweł Rzymianin, najsławniejszy architekt lwowski doby renesansu. Dzięki niemu, świątynia stała się jedną z najokazalszych budowli Lwowa, łącząc elementy włoskiego renesansu z architekturą niderlandzką oraz regionalnym stylem lwowskim. Oprócz samego kościoła kompleks tworzy przylegający do niego klasztor, wolnostojąca dzwonnica, system obwarowań oraz studni na dziedzińcu południowym. Przez wieki kościół nie przechodził większych zmian. Po drugiej wojnie światowej kościół i klasztor zostały zamknięte. Znajdujące się w klasztorze relikwie Jana z Dukli zostały przewiezione do Rzeszowa a później do kościoła Bernardynów w rodzinnej Dukli. W klasztorze umieszczono szkołę muzyczną oraz biura i archiwa miejskie zaś sam kościół pozostawał niewykorzystany - stał pusty i popadał w ruinę. Po uzyskaniu przez Ukrainę niepodległości, władze miejskie Lwowa w listopadzie 1991 roku przekazały kompleks klasztorno-kościelny greckokatolickiemu zakonowi Bazylianów. Kościół został zamieniony na cerkiew św. Andrzeja Apostoła i służy wiernym Kościołowi katolickiemu obrządku bizantyjsko-ukraińskiego.
