Jednonawowe wnętrze Nowej Katedry przykryte jest sklepieniem kolebkowym. Oba ramiona transeptu i główna kaplica absydy ozdobione są ogromnymi, wspaniałymi drewnianymi ołtarzami z przełomu XVII i XVIII wieku, które stanowią doskonały przykład tak zwanego "portugalskiego stylu narodowego".